Jira
Система для координации проектов, контролирования выполнения заданий. Возможно указывать дедлайны и список участников задач, поддерживает REST, SOAP и XML-RPC.
Trello
Программа для групповой работы над определенным проектом, управляется методом Канбан. Крупный проект компактно размещается на одной доске, есть опции голосования, комментирования.
Worksection
Система управления проектами. Помогает отслеживать действия сотрудников и клиентов. Удобный интерфейс, с опцией позволяющей узнать, сколько времени кто работал над проектом.